Tingkat kepatuhan royalti perusahaan mineral dan batubara masih rendah, padahal sektor ini memiliki peran besar dalam pada pemasukan negara. Laporan Extractive Industries Transparency Initiative (EITI) 2014 mencatat 80 persen pemasukan royalti negara hanya berasal dari 75 perusahaan yang bergabung dalam inisiatif yang mulai diterapkan pada 2010 ini.
Keterbukaan di sektor mineral dan batubara tergolong rendah. Dari total 10.922 perusahaan pemegang IUP di Indonesia, hanya 120 yang menjadi anggota EITI. Perusahaan itu juga merupakan yang terbesar di Indonesia. Sementara sisanya merupakan perusahaan kecil yang tersebar di berbagai daerah.
Rendahnya kepatuhan pajak dan royalti para pengusaha ekstraktif merupakan salah satu hal yang disoroti pemerintah. Menteri Keuangan, Sri Mulyani memastikan akan meningkatkan penerimaan negara, termasuk melalui program amnesti pajak dan penagihan pajak rutin kepada para pengusaha mineral dan batubara.