Tuna merupakan komoditas unggulan. Dengan kontribusi mencapai US$ 492 juta pada 2015, ikan yang dikenal dengan variasi tuna, tongkol, dan cakalang ini adalah penyumbang nilai ekspor terbesar setelah udang. Tuna juga merupakan jenis pelagis besar yang paling banyak ditangkap di Indonesia.
Indonesia memiliki potensi tuna terbesar dunia. Hal itu dikarenakan perairan pantai, teritorial, dan zona ekonomi eksklusif Indonesia merupakan jalur migrasi tuna dunia. Habitat tuna paling banyak ditemukan di sisi selatan Pulau Jawa hingga kawasan timur Indonesia terutama perairan Wakatobi.
Pada awal 2017, Menteri Kelautan dan Perikanan Susi Pudjiastuti berencana meningkatkan kerjasama dengan Jepang selaku importir utama tuna Indonesia. Indonesia dan Jepang akan membuat pasar ikan, cold storage, dan budidaya perikanan di sejumlah daerah. Kerjasama itu diharapkan semakin memperkuat industri tuna Nusantara.