Riwayat Perjalanan Virus Corona Sampai ke Indonesia

Lembaga Biologi Molekuler Eijkman pada awal Mei lalu telah berhasil memetakan sekuens asam nukleat RNA penyusun virus corona, SARS-CoV-2 dari Indonesia. Direktur Eijkman Amin Soebandrio saat itu menyatakan, tiga whole genom sequences (WGS) yang telah dipetakan.

Ketiga genom tersebut berasal dari sampel milik tiga pasien yang dipilih berdasarkan tingkat viral load saat tes polymerase chain reaction (PCR). Alat yang digunakan untuk memetakan sekuen RNA virus corona bernama Next-Generation Sequencing (NGS). Seluruh data sekuens tersebut kemudian diunggah ke pusat data Global Initiative for Sharing All Influenza Data (GISAID).

Sampai 19 Mei, tercatat 9 sekuens genom utuh virus SARS-CoV-2 dari Indonesia yang telah diunggah di GISAID. 7 sekuens dikirim Eijkman dan 2 sekuens lainnya dikirim Lembaga Penyakit Tropis Universitas Airlangga (LPT UNAIR). Secara global, lebih dari 18.000 sekuens telah diunggah.

Fungsi mengunggah data sekuens ke GISAID untuk memudahkan peneliti membandingkan ribuan sekuens genom virus corona. Sehingga bisa memetakan alur perjalanan virus, jenis mutasinya dari awal merebak sampai saat ini, dan hal lain yang berkaitan dengan penanggulangan covid-19.

Salah satu yang menganalisis data GISAID tersebut adalah organisasi bernama Nexstrain. Analisisnya disajikan dalam bagan filogeni yang menunjukkan keterkaitan antar satu genom dengan genom lainnya. Dari tingkat kemiripan sampai asal penyebarannya ke satu negara.

(Baca: Uji Coba Pertama, Moderna Klaim Vaksinnya Hasilkan Antibodi Corona)

Asal-Usul Virus Corona di Indonesia

Untuk sekuens genom virus covid-19 yang berada di Indonesia, bagan tersebut menunjukkan seluruhnya berasal dari Tiongkok. Namun, seluruhnya sempat singgah terlebih dulu ke beberapa negara lain. Berikut rinciannya:

Pertama, sampel berkode JKT-EIJK2444/2020 yang dikirimkan Eijkman ternyata mirip dengan genom virus corona di Jepang. Jalur pergerakan genom ini adalah dari Tiongkok ke Jepang dan akhirnya ke Indonesia. Genom ini didapat dari hasil analisis tes PCR seorang pasien corona lelaki berusia 57 tahun di laboratorium RS Pondok Indah.

Kedua, sampel berkode JKT-EIJK0317/2020 yang dikirimkan Eijkman mirip dengan virus corona di Uni Emirat Arab. Perjalanan virus ini tercatat dari Tiongkok ke Inggris, lalu ke Amerika Serikat (AS), ke Uni Emirat Arab, dan akhirnya sampai di Indonesia. Genom ini didapat dari hasil analisis tes PCR seorang pasien corona perempuan berusia 29 tahun di laboratorium RS Pondok Indah.

Ketiga, sampel berkode JKT-EIJK0141/2020 yang dikirimkan Eijkman ternyata mirip dengan virus corona di AS. Riwayat perjalanan virus ini adalah dari Tiongkok ke Inggris, berlanjut ke AS dan tiba di Indonesia. Geno mini didapat dari hasil tes PCR terhadap seorang pasien corona lelaki berusia 68 tahun di laboratorium RS Medistra Jakarta.

Keempat, sampel berkode EJ-ITD853SP/2020 yang dikirimkan LPT UNAIR ternyata mirip dengan genom sebelumnya. Riwayat perjalanan virus ini dari data Nexstrain mirip dengan JKT-EIJK0141/2020. Genom ini didapat dari hasil tes PCR atas pasien lelaki berusia 51 tahun di laboratorium RS Siloam Surabaya.

Kelima, genom berkode JKT-EIJK01/2020 yang dikirimkan Eijkman mirip dengan virus corona di AS. Riwayat perjalanannya dari Tiongkok menuju Inggris. Kemudian melanjutkan perjalanan lagi ke AS sebelum tiba di Indonesia. Genom ini didapat dari hasil tes PCR atas pasien lelaki berusia 75 tahun di laboratorium RS Pusat Pertamina, Jakarta.

(Baca: Perkembangan Vaksin Corona Bawa Angin Segar, IHSG Sesi I Melesat 1,82%)