EcoNusa mendirikan Sekolah Eco Diplomasi untuk meningkatkan kapasitas kepemimpinan dan partisipasi anak muda dalam mewujudkan pembangunan berkelanjutan di Tanah Papua. Dalam prosesnya, sekolah ini memiliki tiga program.
Pertama, mengikutsertakan anak muda dalam pengambilan kebijakan berkelanjutan. Kedua, meningkatkan kesadaran lingkungan pada masyarakat. Ketiga, memperluas kampanye perlindungan sumber daya alam.
Sekolah ini berkontribusi memacu kepemimpinan anak muda dalam diplomasi dan pemberdayaan masyarakat. Kemudian membangun kerjasama antar-lembaga keagamaan, pendidikan, dan kemasyarakatan. Tidak kalah penting juga meningkatkan kapasitas masyarakat dalam mengelola sumber daya alam.
Sampai Juni 2021, Sekolah Eco Diplomasi sudah menghasilkan 182 alumni yang tersebar di 40 kota dan kabupaten. Alumninya kemudian membentuk jaringan EcoDefender di Jayapura, Merauke, Manokwari, Sorong, Banda, dan Kaimana. Mereka juga berpartisipasi aktif membangun kerjasama dengan pemerintah daerah.