LBM Eijkman Kesulitan Percepat Deteksi Varian Baru Covid-19
Pemerintah akan mempercepat deteksi varian baru Covid-19 dari dua minggu menjadi satu minggu. Namun, Kepala Lembaga Biologi Molekuler Eijkman Prof. Amin Soebandrio mengatakan, prosedur pengujian sampel masih sulit sehingga memerlukan waktu hingga dua pekan.
Menurutnya, proses analisis sampel bisa berlangsung selama seminggu. Namun, analisis secara lengkap memerlukan waktu dua minggu lantaran kerap terjadi kekurangan data. "Memang prosedurnya sulit selama ini," kata Amin saat dihubungi Katadata.co.id, Selasa (15/6).
Menurutnya, proses analisis sampel bisa berlangsung selama seminggu. Namun, analisis secara lengkap memerlukan waktu dua minggu lantaran kerap terganjal kekurangan data.
Eijkman akan mengulang proses genome sequencing apabila terdapat kekurangan. Setelah itu, data akan dikirimkan ke platform Global Iinitiative on Sharing All Influeza Data (GISAID).
Selain itu, pengujian sampel tidak akan efisien bila dilakukan dalam jumlah sedikit. Sebab, alat whole genome sequnecing memiliki kapasitas sampel dalam jumlah besar. Adapun, alat yang digunakan lembaganya ialah Next-Generation sequencing (NGS).
Untuk itu, Eijkman kerap menunggu sampel terkumpul dalam jumlah banyak kemudian melakukan pengujian. Hal ini dilakukan untuk efisiensi penggunaan alat. "Ibarat produksi 1000 kue, perlu oven besar. Kalau oven besar masak 10 kue, kan tidak efisien. Jadi kami tunggu sampai ada 1000 kue," ujar dia.
Amin mengatakan Eijkman sebenarnya mampu memeriksa sampel dengan nilai CT tinggi atau viral load yang rendah. Namun pengujian bisa dipercepat apabila sampel yang tiba dalam jumlah besar dan memiliki kualitas tinggi.
Oleh sebab itu ia memohon kerja sama dari berbagai pihak untuk mempercepat pengiriman sampel ke laboratorium. Kerja sama 19 institusi yang melakukan whole genome sequencing di berbagai daerah harus dipererat.
Selain itu, tes polymerase chain reaction (PCR) harus dilakukan dengan sebaik mungkin. "Seluruh provinsi harus dikembangkan sistemnya. Masing-masing provinsi pun ada kabupaten yang jaraknya tidak selalu sama dan juga aksesnya tidak selalu sama," kata dia.
Sebelumnya, Ketua Komite Penanganan Covid-19 dan Pemulihan Ekonomi Nasional Airlangga Hartarto mengatakan, pemerintah mendorong percepatan pengecekan whole genome sequencing (WGS).
Amin mengatakan hingga Senin (14/6) sudah ada 90 kasus mutasi virus SARS-CoV-2 telah teridentifikasi. Data tersebut merupakan hasil identifikasi dari 19 institusi yang melakukan pemeriksaan WGS.
Sedangkan dari data Kementerian Kesehatan, hingga Senin (14/6) sudah ada 145 sekuens variant of concern Covid-19 yang berhasil diidentifikasi. Data tersebut awalnya diunggah ahli wabah dari Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Indonesia Dr Pandu Riono di akun Twitternya. Direktur Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Menular Langsung Kementerian Kesehatan dr Siti Nadia Tarmizi membenarkan data tersebut.
Dari data tersebut, varian terbanyak yang diidentifikasi adalah Delta alias B.1.617.2 yang berasal dari India yakni 104 sekuens. Berikutnya adalah Alfa B.1.1.7 yang berasal dari Inggris sebanyak 36 sekuens. Ketiga adalah Beta B.1.351 yang pertama terdeteksi dari Afrika Selatan sebanyak lima sekuens.
Varian Delta adalah yang paling banyak diidentifikasi yakni 106 temuan, berikutnya Alfa sebanyak 35 dan Beta yakni lima sekuens.
Varian tersebut dideteksi dari 12 provinsi yakni Kepulauan Riau, Sumatera Utara, Sumatera Selatan, Riau, DKI Jakarta, Jawa Tengah, Jawa Barat, Jawa Timur, Bali, Kalimantan Tengah, Kalimantan Selatan, dan Kalimantan Timur.
Jawa Tengah menyumbang temuan terbanyak yakni 76 varian. Dari angka tersebut, 75 adalah varian Delta sedangkan sisanya adalah Alfa.
DKI Jakarta dengan 48 temuan berada di peringkat kedua. Di Ibu Kota, varian Alfa merupakan yang paling banyak teridentifikasi yakni 24 sekuens, berikutnya adalah Delta dengan 20 sekuens dan empat adalah Beta.