Kemitraan membentuk program Forest Governance Program (FPG) untuk memperkuat kelembagaan pengelolaan hutan di Tanah Papua. Ini bermanfaat untuk memberi kepastian hukum bagi masyarakat lokal dan adat dalam merawat hutan serta mengembangkan potensi alam.
Program ini bertujuan untuk mengurangi deforestasi dan mempermudah akses sumber daya bagi masyarakat adat maupun lokal. Kemitraan melakukan berbagai kolaborasi dalam program ini. Beberapa di antaranya adalah bekerja sama dengan Perkumpulan Terbatas untuk Pengkajian dan Pemberdayaan Masyarakat Adat (PT PPMA) terkait pemetaan dan pengakuan wilayah adat.
Setelah masyarakat adat mendapatkan kepastian hukum atas wilayahnya, Kemitraan kemudian melakukan peningkatan kapasitas. Tak hanya itu, lembaga yang berfokus pada pembaruan tata pemerintahan ini juga melakukan peningkatan kapasitas bagi Yayasan Komunitas Kamuki agar dapat melakukan pendampingan masyarakat adat.
Kemitraan juga berupaya menjembatani kolaborasi antara pemerintah daerah dan masyarakat adat. Hingga tercapai pembentukan enam Hutan Desa di Kecamatan Kokas dan Kramomongga. Selain itu Kemitraan juga berperan dalam mendorong terbitnya Surat Keputusan Bupati Jayapura Nomor 319/2014 Tentang Pengakuan dan Perlindungan Masyarakat Hukum Adat di Kabupaten Jayapura.