Program Dana Desa dengan guliran anggaran yang besar rawan penyalahgunaan. Sepanjang 2016, Satuan Tugas Dana Desa mencatat ada 932 kasus penyelewengan.
Sebanyak 167 kasus diserahkan ke kepolisian dan 200 kasus diserahkan ke Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK). Dari jumlah tersebut, sebanyak 67 kasus telah diproses di pengadilan.
Untuk menekan kasus penyalahgunaan, fungsi pengawasan akan diperkuat. Langkah yang dilakukan antara lain meningkatkan anggaran pengawasan Dana Desa; meningkatkan peran Satgas Dana Desa dan call center; hingga memperkuat peran Inspektorat Daerah sebagai auditor penggunaan Dana Desa.