Spesies tuna di perairan Indonesia dalam ancaman. Hal itu ditunjukkan dari tingkat eksploitasi yang sudah mencapai titik maksimum di sebagian besar laut Nusantara. Gejala kepunahan juga ditandai dengan masuknya tiga spesies tuna di Indonesia ke dalam daftar merah sebuah lembaga kajian di bidang lingkungan, International Union for Concervation of Nature (IUCN).
Kerentanan stok tuna nasional juga dibahas dalam laporan Indian Ocean Tuna Commission (IOTC). Institusi kerjasama perikanan di kawasan Samudera Hindia itu menyimpulkan tuna di Indonesia telah ditangkap secara berlebihan. Jika tidak dibatasi, dalam tiga hingga 10 tahun jumlah tuna akan berkurang drastis dan terancam punah. Selain itu, gejala kepunahan tuna juga terlihat dari mengecilkan ukuran tuna yang ditangkap di Indonesia, Thailand, dan Filipina.
Gejala eksploitasi tuna secara berlebihan juga ditunjukkan dari mengecilnya tangkapan nelayan. Hal ini menandakan bahwa tuna dewasa sudah habis tereksplotasi, sehingga yang tertangkap merupakan tuna kecil yang seharusnya masih dapat bereproduksi. Sirip kuning kuning yang rata-rata berukuran 150 cm misalnya, sekarang mengecil hanya menjadi 80 cm.