Meski mendatangkan keuntungan ekonomi lumayan besar, ekspansi perkebunan kelapa sawit melahirkan sejumlah permasalahan. Di antaranya adalah menyebabkan deforestasi, mengancam wilayah adat, memicu konflik agraria, menyebabkan kebakaran hutan, dan membahayakan ekosistem.
Dalam kurun 2001 hingga 2016, perluasan area perkebunan kelapa sawit berkontribusi pada terjadinya deforestasi hingga 23 persen. Jumlah ini lebih besar dari deforestasi yang disebabkan oleh hutan industri perkayuan dan pertanian skala kecil yang masing-masing menyumbang 14 persen dan 15 persen hilangnya wilayah hutan Indonesia. Perluasan perkebunan kelapa sawit juga mengancam wilayah adat. Tercatat, 211 wilayah atau sebesar 313 hektare wilayah komunitas adat tumpang tindih dengan wilayah Hak Guna Usaha (HGU) perkebunan sawit.
Selain turut menyebabkan deforestasi dan mengancam wilayah adat, perkebunan kelapa sawit juga menimbulkan masalah agraria. Data dari Konsorsium Pembaruan Agraria (KPA) menyebutkan, konflik pertanahan paling banyak terjadi di sektor perkebunan, mencapai 144 kasus. Dari jumlah tersebut, 60 persen di antaranya terjadi di kawasan perkebunan sawit.
Perkebunan kelapa sawit juga punya andil atas penurunan kualitas udara karena kabut asap akibat kebakaran hutan dan lahan (karhutla) yang kerap dikaitkan dengan aktivitas pembukaan lahan. Dalam kurun Januari hingga Agustus 2018, sebanyak 765 titik api berada di wilayah konsesi kehutanan dan perkebunan.
Selain itu, semakin maraknya perkebunan kelapa sawit berarti juga semakin banyaknya penggunaan pupuk yang membahayakan ekosistem. Beberapa pupuk berbahaya ekstrim dan berbahaya tinggi masih banyak digunakan. Padahal berbagai macam pupuk kimia tersebut sangat beracun bagi ikan, burung, maupun binatang liar yang hidup di sekitar perkebunan kelapa sawit.