Meski menyumbang penerimaan negara, rokok dapat menyebabkan biaya kesehatan dan hilangnya produktivitas. Balitbang Kementerian Kesehatan memperkirakan Indonesia kehilangan hampir Rp 388 triliun akibat konsumsi rokok sepanjang 2015.
Dari data 2015 tercatat biaya kesehatan terbesar disumbang oleh kasus rawat inap dengan nilai hampir Rp 14 triliun. Biaya tersebut untuk mengobati penyakit pembengkakan pembuluh aorta, kehamilan di luar rahim, dan leukimia. Sedangkan biaya lainnya adalah untuk rawat jalan dengan nilai Rp 0,05 triliun,.
Selain itu, Indonesia berpotensi kehilangan produktivitas hingga Rp 374 triliun jika seseorang mengalami sakit, cacat, atau kematian dini. Kendati demikian, rokok tetap menjadi andalan penerimaan cukai dengan kontribusi 95 persen setiap tahunnya.