Selain itu, transaksi dari penjualan minyak KKKS ke Pertamina menghasilkan premium atau untung, dikenai Pajak Penghasilan pasal 17. Sebaliknya, apabila transaksinya ternyata demium atau rugi akibat penjualan minyak itu, maka akan mengurangi pajak yang dibayar KKKS, artinya KKKS tidak dibebankan pajak.
Adapun, formula penghitungan Pph 17 itu mengacu harga jual minyak KKKS ke Pertamina yang dilakukan secara kelaziman bisnis. Kemudian dikurangi harga minyak Indonesia bulanan yang dikeluarkan pemerintah untuk menghitung bagi hasil minyak KKKS.
(Baca: Penjualan Minyak Kontraktor ke Pertamina Terganjal Branch Profit Tax)
Nantinya DJP akan mengatur lebih lanjut pembayaran PPh badan tersebut. Ada dua opsi, yakni memakai skema pembayaran pajak penghasilan secara angsuran yakni PPh pasal 25 atau, memakai pelaporan pajak di akhir tahun atau sering disebut PPh pasal 29, yakni KKKS melunasi kurang bayar pajaknya di akhir tahun pada Surat Pemberitahuan (SPT) tahunan pajak.
Di sisi lain, KKKS meminta mendapat keringanan dari Menteri Keuangan seperti pembebasan pajak (tax holiday), pengurangan pajak (tax allowance), dan discount rate. Alasan karena adanya pengenaan PPh atas premium atau keuntungan yang diperoleh KKKS yang berkurang akibat pajak. Namun hal ini masih dalam tahap diskusi.