Bebas dari penjara, Frans lalu mendirikan Partai Irian untuk mempercepat bergabungnya Nugini Belanda bergabung dengan Indonesia. Hal ini bersamaan dengan pidato Tri Komando Rakyat (Trikora) yang dikumandangkan Presiden RI Soekarno.
Belanda, yang ditekan oleh Amerika Serikat, akhirnya memutuskan untuk menyerahkan wilayah Irian Barat ke Indonesia. Hal tersebut seiring ditandatanganinya Perjanjian New York pada 1962.
Frans Kaisiepo lalu menjadi Gubernur Irian Barat pada 1964 hingga 1973. Usai menjadi gubernur, ia lalu menjadi anggota Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) tahun 1973 dan anggota Dewan Pertimbangan Agung (DPA) pada 1977.
Frans Kaisiepo wafat pada 10 April 1979 dan dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Cendrawasih di Kampung Mokmer, Kabupaten Biak Numfor. Namanya kini juga diabadikan sebagai bandara di Biak.