Untuk pengguna yang menuju arah Merak, para pengguna jalan yang menggunakan akses keluar sebelum GT Cikupa akan membayar tol di pintu keluar. Beberapa GT yang dimaksud adalah Kebun Jeruk 1, Meruya 1, Meruya Utara 2, Meruya Utara 3, Karang Tengah Barat 1, Kunciran 1, Tangerang 1, Karawaci 1, Karawaci 3, serta Bitung 1.
Sedangkan untuk penggunaan kartu elektronik pada ruas Jakarta - Merak, para pengguna akan membayar dua kali. Pertama untuk Tomang - Cikupa, kedua adalah pembayaran untuk Cikupa menuju Merak. Aturan pembayarannya juga berlaku untuk arah sebaliknya, yakni Merak - Cikupa, serta Cikupa - Tomang.
Untuk arah Tomang seperti GT Meruya Utara 1, Meruya Utara 4, Meruya 2, Kebon Jeruk 2, Bitung 2, Karawaci 2, Karawaci 4, Tangerang 2, Kunciran 2, serta Karang Tengah Barat 2 akan membayar tarif tol di akses masuk.
Sebelumnya, Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat (PUPR) Basuki Hadimuljono mengatakan pemerintah berencana mengalihkan seluruh pembayaran tol dengan transaksi elektronik nontunai. Tujuannya untuk memperlancar antrean di gerbang tol yang sering mengalami penumpukan kendaraan karena pembayaran tunai.
Menurut dia, untuk pertama kalinya pembayaran nontunai akan diberlakukan di semua gerbang tol di wilayah Jakarta, Bogor, Tangerang, dan Bekasi (Jabodetabek). Peralihan pembayaran dari tunai ke nontunaiini merupakan sebuah keharusan yang akan diatur dalam Peraturan Menteri PUPR. "Aturannya nanti Peraturan Menteri PUPR, tahun ini kami targetkan keluar," kata Basuki.