Persoalan emisi karbon menjadi pekerjaan rumah Indonesia dalam mencapai target pengurangan emisi yang telah ditetapkan Perjanjian Paris 2015. Pemerintah mulai mendorong penggunaan energi alternatif berupa bahan bakar nabati biodiesel yang dinilai lebih rendah emisi. Meski biodiesel menghasilkan emisi lebih sedikit, jejak karbon yang dihasilkan selama proses produksi dari hulu ke hilir perlu menjadi perhatian.
Kajian Traction Energy Asia menunjukkan, emisi bahan bakar yang digunakan untuk proses operasional pembukaan lahan berada di kisaran 10,44 hingga 13,48 kilogram karbon dioksida ekuivalen per ton TBS (kgCO2e/tTBS). Sementara limbah cair yang dihasilkan di pabrik pengolahan kelapa sawit berada di kisaran 373,9 hingga 390 kilogram karbon dioksida equivalen per ton CPO (kgCO2e/tCPO). Pada proses ini dihasilkan 83 hingga 95 persen emisi di hulu biodiesel.
Kalkulasi The International Council on Clean Transportation (ICCT) mencatat emisi karbon monoksida (CO) yang dihasilkan biodiesel lebih rendah dari solar fosil. Solar menghasilkan emisi sebesar 0,88 gram/km. Sedangkan pada B20, CO yang dihasilkan sebesar 0,83 g/km. Sementara semakin tinggi tingkat campurannya, semakin rendah emisi CO yang dikeluarkan. Pada B30 dan B50 masing-masing emisi yang dihasilkan adalah 0,82 g/km dan 0,77 g/km.
Sejumlah cara untuk mengurangi emisi pada hulu dan hilir produksi biodiesel penting untuk dijalankan. Di antaranya penggunaan Crude Palm Oil (CPO ) dari perkebunan yang dibuka sebelum 2008 dan melibatkan perkebunan petani swadaya serta menghentikan ekspansi lahan sawit.
Di samping itu, menggunakan penangkap gas metan atau methane capture pada pabrik kelapa sawit juga dapat mengurangi keluaran emisi hingga 48,8 persen di tahap ini (baca juga: Menakar Emisi dalam Produksi Biodiesel). Adapun penggunaan bahan baku alternatif juga penting seperti pemanfaatan used cooking oil (UCO). Terakhir, standar bahan bakar rendah emisi pada kendaraan juga perlu diterapkan.