Pemerintah Cegah Sebaran Omicron dengan WGS, Apa Itu?
Pemerintah resmi mengonfirmasi adanya kasus Covid-19 varian Omicron pertama di Indonesia, Kamis (16/12). Varian ini disebut lima kali lipat lebih menular dibandingkan virus Corona varian pertama.
Untuk mengantisipasi meluasnya varian Omicron di Tanah Air, Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin bakal meningkatkan tes untuk mendeteksi varian Covid-19 pada kasus konfirmasi positif. Salah satu jenis tes yang akan ditingkatkan, yakni Whole Genome Sequencing (WGS) alias pengurutan keseluruhan data genom.
Budi mengumumkan kalau tes tersebut bakal ditingkatkan dari 5% menjadi 10% dari total kasus konfirmasi. Adapun, kasus konfirmasi saat ini berada pada rentang 200-300 kasus per hari.
Apa Itu WGS?
Dikutip dari Genecraft Labs, WGS adalah teknik komprehensif yang digunakan dalam proses pengurutan sekuens DNA menjadi suatu gambaran genom utuh (whole genome sequence), dengan menggunakan teknologi Next Generation Sequencing (NGS).
Proses pengurutan dan perangkaian sekuen genom tersebut, mirip seperti menyusun puzzle yang memiliki jutaan hingga miliaran keping gambar. Proses Whole Genome Sequencing dilakukan menggunakan komputasi dan algoritma kompleks atau disebut bioinformatika.
Genom merupakan satu set komplit materi genetik (DNA/ RNA) dari suatu organisme yang mengandung data penting (tersimpan dalam gen), untuk menjalankan fungsi organisme dalam kehidupan. Secara fisik, genom terbagi ke dalam beberapa molekul-molekul asam nukleat yang berbeda, sementara secara fungsi, genom dibagi menjadi gen-gen.
Pada setiap organisme mengandung informasi biologis yang diperlukan untuk membangun jaringan tubuh, mempertahankan hidup, hingga mewariskan keturunan selanjutnya, Kebanyakan genom terbuat dari DNA, tetapi sejumlah virus tersusun atas RNA pada genomnya.
Perbandingan genom organisme dapat memberikan informasi mengenai karakteristik organisme, evolusi, dan berbagai proses biologis yang terjadi dalam tubuh makhluk hidup tersebut. Genom manusia (Homo sapiens) terdiri dari 23 kromosom yang berpasangan dengan lebih dari 3 miliar base pair DNA (pasangan basa). Pada tubuh manusia, terdapat 3 juta pasang DNA yang semua berlokasi di dalam inti setiap sel.
Peran dan Fungsi WGS
Berkaca pada kondisi pandemi Covid-19, WGS turut mengambil peran penting untuk digunakan sebagai alat yang menghasilkan cetak biru genetik (genetic blueprint) dari genom virus SARS-CoV-2, identifikasi mutasi baru, pelacakan asal virus, dan pencegahan penularan virus.
Data genom SARS-CoV-2 yang spesifik, akan menjadi fondasi untuk riset vaksin dan memformulasikan perawatan yang tepat untuk menangani kasus Covid-19 di suatu negara oleh peneliti dan tenaga medis. Selain itu, data genom SARS-CoV-2 juga bisa digunakan untuk memetakan dan mempelajari alur penyebaran Covid-19, sehingga penentu kebijakan (pemerintah dan badan terkait) di suatu negara bisa merancang strategi untuk menahan laju penularan virus.
Adapun metode atau teknik pengerjaan WGS dapat dikelompokkan menjadi teknik tradisional dan teknik modern (metode baru). Di mana, untuk teknik tradisional dilakukan berdasarkan pada fragmentasi dan perakitan kembali potongan sekuen, yaitu metode hierarchical sequencing dan shotgun sequencing.
Sementara itu, teknik modern dalam metode WGS dikembangkan dari sekuensing yang ada pada masa sekarang, seperti nanopore sequencing, HiSeq, dan NGS.
