Pemerintah Cegah Sebaran Omicron dengan WGS, Apa Itu?
Pemerintah resmi mengonfirmasi adanya kasus Covid-19 varian Omicron pertama di Indonesia, Kamis (16/12). Varian ini disebut lima kali lipat lebih menular dibandingkan virus Corona varian pertama.
Untuk mengantisipasi meluasnya varian Omicron di Tanah Air, Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin bakal meningkatkan tes untuk mendeteksi varian Covid-19 pada kasus konfirmasi positif. Salah satu jenis tes yang akan ditingkatkan, yakni Whole Genome Sequencing (WGS) alias pengurutan keseluruhan data genom.
Budi mengumumkan kalau tes tersebut bakal ditingkatkan dari 5% menjadi 10% dari total kasus konfirmasi. Adapun, kasus konfirmasi saat ini berada pada rentang 200-300 kasus per hari.
Apa Itu WGS?
Dikutip dari Genecraft Labs, WGS adalah teknik komprehensif yang digunakan dalam proses pengurutan sekuens DNA menjadi suatu gambaran genom utuh (whole genome sequence), dengan menggunakan teknologi Next Generation Sequencing (NGS).
Proses pengurutan dan perangkaian sekuen genom tersebut, mirip seperti menyusun puzzle yang memiliki jutaan hingga miliaran keping gambar. Proses Whole Genome Sequencing dilakukan menggunakan komputasi dan algoritma kompleks atau disebut bioinformatika.
Genom merupakan satu set komplit materi genetik (DNA/ RNA) dari suatu organisme yang mengandung data penting (tersimpan dalam gen), untuk menjalankan fungsi organisme dalam kehidupan. Secara fisik, genom terbagi ke dalam beberapa molekul-molekul asam nukleat yang berbeda, sementara secara fungsi, genom dibagi menjadi gen-gen.
Pada setiap organisme mengandung informasi biologis yang diperlukan untuk membangun jaringan tubuh, mempertahankan hidup, hingga mewariskan keturunan selanjutnya, Kebanyakan genom terbuat dari DNA, tetapi sejumlah virus tersusun atas RNA pada genomnya.
Perbandingan genom organisme dapat memberikan informasi mengenai karakteristik organisme, evolusi, dan berbagai proses biologis yang terjadi dalam tubuh makhluk hidup tersebut. Genom manusia (Homo sapiens) terdiri dari 23 kromosom yang berpasangan dengan lebih dari 3 miliar base pair DNA (pasangan basa). Pada tubuh manusia, terdapat 3 juta pasang DNA yang semua berlokasi di dalam inti setiap sel.
Peran dan Fungsi WGS
Berkaca pada kondisi pandemi Covid-19, WGS turut mengambil peran penting untuk digunakan sebagai alat yang menghasilkan cetak biru genetik (genetic blueprint) dari genom virus SARS-CoV-2, identifikasi mutasi baru, pelacakan asal virus, dan pencegahan penularan virus.
Data genom SARS-CoV-2 yang spesifik, akan menjadi fondasi untuk riset vaksin dan memformulasikan perawatan yang tepat untuk menangani kasus Covid-19 di suatu negara oleh peneliti dan tenaga medis. Selain itu, data genom SARS-CoV-2 juga bisa digunakan untuk memetakan dan mempelajari alur penyebaran Covid-19, sehingga penentu kebijakan (pemerintah dan badan terkait) di suatu negara bisa merancang strategi untuk menahan laju penularan virus.
Adapun metode atau teknik pengerjaan WGS dapat dikelompokkan menjadi teknik tradisional dan teknik modern (metode baru). Di mana, untuk teknik tradisional dilakukan berdasarkan pada fragmentasi dan perakitan kembali potongan sekuen, yaitu metode hierarchical sequencing dan shotgun sequencing.
Sementara itu, teknik modern dalam metode WGS dikembangkan dari sekuensing yang ada pada masa sekarang, seperti nanopore sequencing, HiSeq, dan NGS.
Perkembangan WGS di Indonesia
Dalam laporan Organisasi Kesehatan Dunia alias WHO 2019, disampaikan kalau WGS adalah konsep yang relatif baru dalam teknologi genom. Di mana, kapasitas keterampilan dan kecakapan negara dalam pekerjaan laboratorium WGS dan analisis data dapat ditingkatkan.
Di Indonesia, Tim Surveilans Genom SARS-CoV-2 dari Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia alias LIPI (Tim Venomcov), telah berhasil menggunakan platform dari Oxford Nanopore Technologies (ONT) untuk mengidentifikasi varian-varian COVID19.
Pakar ilmu kesehatan Universitas Indonesia, Prof Tjandra Yoga Aditama sebelumnya menilai WGS di Indonesia perlu ditingkatkan lagi. Hal itu perlu dilakukan untuk menghalau masuknya varian baru SARS-CoV-2 dari luar negeri, maupun mutasi domestik.
Selain aktif melaporkan sampel WGS, mantan Dirjen P2P dan Kepala Balitbangkes tersebut mendorong pembatasan sosial, serta penerapan 3T seperti test, telusur dan terapi. Langkah tersebut perlu diterapkan agar Indonesia bisa terhindar dari serangan gelombang kasus Covid-19 lanjutan.
Berdasarkan laporan lembaga pengumpulan data genom, GISAID per1 November 2021, Indonesia sudah mengirimkan 8.350 sampel. Sementara, Singapura sudah mengirimkan 8.970 sampel, Filipina sebanyak 12.681 sampel dan India sudah 72.325 sampel WGS ke GSID.
“Tentu tidak terlalu tepat membandingkan (Indonesia) dengan negara maju, tetapi Amerika Serikat sudah memasukkan 1,46 juta WGS sampel ke GISAID dan Inggris sudah 1,11 juta sampel,” kata Tjandra Yoga, dilansir dari Antara, Kamis (4/11).
Sebelumnya, laporan GISAID menunjukkan, ada 48 kasus virus Covid-19 varian Omicron (B.1.1.529) di 11 negara wilayah Asia hingga Kamis 9 Desember 2021. Mayoritas atau sebanyak 13 kasus Covid-19 varian Omicron berasal dari Hongkong.
Israel menduduki peringkat kedua di Asia dengan penemuan kasus Covid-19 varian Omicron terbanyak, yakni mencapai 12 kasus. Kemudian, Singapura dan India masing-masing mencatatkan ada 6 kasus dan 5 kasus Covid-19 varian Omicron.
Kemudian, sebanyak 3 kasus Covid-19 varian Omicron masing-masing terdeteksi di Jepang dan Korea Selatan. Lalu, Rusia mendeteksi ada 2 kasus Covid-19 varian Omicron.
Sri Lanka, Thailand, Maladewa, dan Malaysia masing-masing mendeteksi 1 kasus Covid-19 varian Omicron. Sementara, belum ada kasus Covid-19 varian Omicron yang masuk ke Indonesia hingga saat ini menurut Kementerian Kesehatan.
Laporan GISAID juga menyatakan, terdapat 41 negara yang telah mendeteksi kasus Covid-19 Omicron di seluruh dunia. Secara total, ada 1.109 kasus Covid-19 varian Omicron yang telah terdeteksi.
