BPK menemukan lima poin penyimpangan yang diduga terjadi ketika proses perpanjangan kerjasama terminal peti kemas JICT. Pertama, rencana perpanjangan kerjasama peti kemas JICT tidak pernah dibahas dan dimasukkan sebagai Rencana Jangka Panjang Perusahaan (RJPP) dan Rencana Kerja dan Anggaran Perusahaan (RKAP) PT Pelindo II.
(Baca: Komite Pengawas Dukung Perpanjangan Kontrak JICT)
Kedua, perpanjangan perjanjian kerjasama pengelolaan dan pengoperasian terminal peti kemas JICT ditandatangani PT Pelindo II dan pihak HPH tanpa adanya permohonan Izin Konsesi kepada Menteri Perhubungan. Ketiga, penunjukan HPH sebagai mitra dalam perpanjangan perjanjian kerjasama tersebut tanpa melalui mekanisme pemilihan mitra yang seharusnya.
Keempat, perpanjangan perjanjian kerjasama pengelolaan dan pengoperasian terminal peti kemas JICT ditandatangani oleh Pelindo II dan HPH meskipun belum ada Persetujuan Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS) dan persetujuan Menteri BUMN.
Kelima, penunjukan Deutsche Bank (DB) sebagai financial advisor oleh PT Pelindo II dilakukan dengan cara-cara yang bertentangan dengan peraturan perundangan. Selain itu, hasil kerja DB berupa valuasi nilai bisnis dalam kontrak tersebut diduga dipersiapkan untuk mendukung tercapainya perjanjian kerjasama dengan mitra lama (pihak HPH) dan bertentangan dengan peraturan perundangan yang berlaku.
Penyimpangan yang terjadi terkait penunjukan DB terindikasi melalui ketiadaan owner estimate yang dimiliki direksi PT Pelindo II sebagai acuan dalam menilai penawaran dari HPH. Penawaran penilaian tersebut diserahkan sepenuhnya kepada pihak DB.
Laporan audit investigasi telah diserahkan kepada Tim Pansus Pelindo II di DPR. Audit dibuat atas permintaan Pansus Pelindo II pada tahun lalu. Selain itu, Pansus juga meminta BPK melanjutkan audit investigatif selanjutnya terkait Global Bond dan Proyek Kali Baru Pelindo II.