Atas keputusan PTUN ini, Walhi kemudian mengajukan upaya hukum perlawanan di PTUN Semarang pada 3 Juli 2017. Pada putusan Rabu, 16 Agustus 2017, hakim menyatakan menolak mengadili perkara tersebut.
Hakim menimbang, surat ketetapan ketua PTUN pada 16 Juni 2017 telah sah dan dapat dipertahankan. Hakim menilai Surat Keputusan Gubernur Jawa Tengah Nomor 660.1/4 tahun 2017 adalah produk tata usaha negara yang merupakan pelaksanaan dari pertimbangan putusan PK izin lingkungan pabrik PT Semen Indonesia.
"Penerbitan surat nomor 660.1/4 tahun 2017 itu merupakan bagian keputusan berantai yang tidak terpisahkan," kata Hakim Ketua Diah Widiastuti.
Manajer Hukum Lingkungan dan Litigasi WALHI Ronald M Siahaan menyatakan, PTUN tidak memperhatikan dengan cermat bukti yang ada serta isi putusan Mahkamah Agung. Ronald mengatakan putusan PK menyebutkan batal izin Nomor 660.1/17 Tahun 2012 dan mewajibkan kepada Gubernur Jawa Tengah untuk mencabut izin tersebut.
"Kalimat putusannya adalah menyatakan batal dan mencabut, bukan merevisi dengan menerbitkan izin baru," kata Ronald. (Baca: Polemik Semen Rembang, Badan Geologi Ungkap Kajian Awal Watuputih)
Dia juga menyatakan pproses pemberian izin baru tersebut tidak mengindahkan secara serius rekomendasi KLHS (Kajian Lingkungan Hidup Strategis). "Pengelabuan terhadap putusan Mahkamah Agung dengan menerbitkan izin baru," kata Ronald.
Sekretaris Perusahaan Semen Indonesia Agung Wiharto berharap tak ada lagi gugatan terhadap izin lingkungan yang telah dikeluarkan pemerintah Jawa Tengah. "Kami berkomitmen menjaga lingkungan dalam proses produksi pabrik semen, silakan mengawasi kami," kata Agung.