(Baca: Tol Cipularang Bermasalah, Jadwal Kereta Jakarta-Bandung Ditambah)
Kementerian Perhubungan juga memutuskan menghapus perjalanan lima kereta, yaitu:
1. KA Tegal Arum relasi Tegal – Pasar Senen (kelas ekonomi jarak menengah)
2. KA Sarangan relasi Surabaya Gubeng – Madiun (kelas bisnis)
3. KA Cepu Express relasi Surabaya Turi – Cepu – Semarang Poncol (kereta lokal)
4. KA Arjuna relasi Surabaya Kota – Madiun
5. KA Madiun Jaya relasi Madiun - Yogyakarta
Prasetyo menjelaskan, KA Sarangan dihapuskan karena tingkat keterisiannya rendah. Jalur tersebut nantinya akan dilayani oleh KA Mutiara Selatan, dengan perpanjangan hingga Malang, Jawa Timur.
Sementara itu, KA Cepu Ekspress, KA Arjuna dan KA Madiun Jaua dihapuskan karena kurangnya kereta diesel. Jalur yang semula dilayani KA Cepu Ekspress, akan diambil alih KA Tawang Jaya. (Baca: Pembiayaan Kereta Semicepat Jakarta-Surabaya Pakai Skema G to G)
Perubahan lain yang dilakukan Kementerian Perhubungan adalah:
1. KA Cirebon Ekspress relasi Cirebon - Gambir, menjadi KA Tegal Bahari relasi Tegal - Gambir
2. KA Ciremai relasi Cirebon - Cikampek - Bandung, menjadi Semarang Tawang - Cikampek - Bandung
3. KA Mutiara Selatan relasi Surabaya Gubeng - Bandung, menjadi Bandung - Surabaya Gubeng - Malang
4. KA Krakatau relasi Kampung Bandan - Merak, menjadi Blitar - Kampung Bandan - Merak
5. KA Probowangi relasi Surabaya - Banyuwangi menjadi Surabaya Gubeng - Banyuwangi