Penyebab lain terjadinya korupsi di lingkungan pajak juga menurutnya karena kurangnya kapabilitas sumber daya manusia, etika, dan integritas petugas pajak. Rendahnya kepatuhan wajib pajak, terutama di sektor sumber daya alam juga memberi celah terjadinya tindak korupsi.
(Baca juga: Ditopang PPh Migas, Penerimaan Pajak Hingga September 63% dari Target)
Karenanya, KPK merekomendasikan Direktorat Jenderal Pajak untuk meningkatkan kehandalan basis data wajib pajak dan data eksternal lainnya. Hal tersebut diperlukan guna meningkatkan mekanisme dan kerjasama antar instansi, lembaga, asosiasi, dan pihak lainnya untuk memenuhi kebutuhan data.
KPK juga menyarankan Direktorat Jendearl Pajak untuk menyempurnakan aturan dan pedomannya serta memperkuat fungsi analisis serta pengawasan pajak. Jumlah pegawai pajak saat ini mencapai sekitar 43 ribu orang.
Berdasarkan catatan KPK, total kasus korupsi pada kementerian/lembaga pada periode 2004 hingga Juli 2018 mencapai 287 kementerian/lembaga. Jumlah itu setara dengan 36,7% dari total kasus korupsi yang ditangani KPK sekaligus merupakan yang tertinggi dari keseluruhan 6 instansi.