Integrasi sistem ini juga berdampak pada penyesuaian tarif tol JORR. Tarif kendaraan angkutan logistik golongan II, III, IV dan V akan turun. Sehingga dapat mendukung pembentukan sistem logistik nasional yang lebih efisien dan kompetitif.
(Baca: Jasa Marga Akan Jual Saham Jalan Tol Semarang-Solo dan JORR W1)
Hal ini diharapkan dapat menjawab kebutuhan pelaku logistik dan mendorong truk dan kontainer memanfaatkan jalan tol dan mengurangi beban jalan arteri. Antrian lalu lintas jalan arteri yang padat seperti pada kawasan Tanjung Priok akan berkurang.
Dengan penyederhanaan sistem transaksi, akan diberlakukan sistem terbuka dengan pemberlakuan tarif tunggal. Pengguna tol sesuai golongan kendaraannya, akan membayar besaran tarif tol yang sama, tanpa memperhitungkan jauh dekatnya jarak tempuh. Artinya, akan ada kenaikan tarif untuk jarak dekat.
Tarif baru akan berlaku untuk 4 ruas dan 9 seksi tol JORR dengan panjang keseluruhan 76,43 km yang terdiri dari : Seksi W1 (Penjaringan-Kebon Jeruk), Seksi W2 Utara (Kebon Jeruk-Ulujami), Seksi W2 Selatan (Ulujami-Pondok Pinang), Seksi S (Pondok Pinang-Taman Mini), Seksi E1 (Taman Mini-Cikunir), Seksi E2 (Cikunir-Cakung), Seksi E3 (Cakung-Rorotan), Jalan Tol Akses Tanjung Priok Seksi E-1, E-2, E-2A, NS (Rorotan-Kebon Bawang), dan Jalan Tol Pondok Aren-Bintaro Viaduct-Ulujami.