Minyak jelantah yang dibuang begitu saja akan membawa masalah kepada lingkungan, seperti menyumbat pori-pori tanah, mencemari air, dan menyumbat saluran drainase.
Antisipasi risiko terhadap penggunaan biodiesel di sektor hulu dan hilir mengemuka seiring dengan program mandatori biodiesel yang dicanangkan pemerintah.
Kota Bogor sempat mengoperasikan bus dalam kotanya berbahan bakar biodiesel dari minyak jelantah. Sementara di Bali produksi produk serupa dioptimalkan untuk bahan bakar mesin statis.